Pektus deformitesinin etyolojisi tam olarak bilinmemektedir. En yaygın kabul gören teori nedeni bilinmeyen bazı uyaranlara cevap olarak kaburgaların aşırı büyüme sonucu deformitenin geliştiğidir. Anne karnında bası, raşitizm veya diyafram anomalilerinin de göğüs kemiğini çekmesi ile pektus ekskavatum deformitesi etyolojisinde rol oynayabileceği öne sürülmektedir. Genetik faktörlerin rolü de olası etyolojik faktörler arasında sayılmaktadır. Her üç hastadan birinin ailesinde pektus deformitesi öyküsü vardır. Her beş hastadan biride skolyoz öyküsü vardır. 

   Özellikle aşağıda kalan kaburgalarda şekil bozukluğu vardır ve bu kaburgalar içeriye dönük veya karinatum deformitesinde dışarıya dönük olarak uzamıştır. Şekil bozukluğu simetrik veya asimetrik olabilir. Ameliyatla çıkartılan kıkırdaklar incelendiğinde vakuolizasyon, ölü doku alanları ve kırkırdak hücre dizisinde bozulma görülmüştür. 

   Pektus ekskavatum, Marfan sendromu ile beraber görülebilir. Özellikle, skolyozu olan erkek çocuklarda eşlik eden Marfan sendromu olasılığı göz önünde tutulmalıdır.